2018年底，国家有关部委开展长江经济带小水电清理整改工作后，按照云南省政府安排部署，省水利厅牵头会同有关部门制定方案抓落实，印发了经省政府常务会审议通过的《云南省小水电清理整改实施方案》，成立了省级小水电清理整改领导小组，全面启动清理整改工作。
截至目前，云南省安装生态流量监测(监控)设施的电站有1650座，完成率100%，1577座电站接入监管平台，完成率96%;省级、州(市)级、县级生态流量监管平台已按时建成。全省立即退出类电站已退出218座，完成率89%。立项审批(核准)、环评、水资源论证(取水许可)、土地预审、林地证(占)用等审批手续完善率达85%以上。
赤水河是长江上游的重要支流，流域(云南段)共建有小水电站17座，截至2020年9月底，昭通市威信、镇雄两县已按照《云南省赤水河流域小水电清理整改复核报告》全面完成了赤水河流域17座小水电站拆除工作。拆除后，可以恢复河道连通性，消除电站堤坝对赤水河河道阻隔及生态环境破碎化的不利影响，有利于赤水河生态保护治理。
通过全省上下协同一心的努力，云南省保护长江水系健康工作已取得系列成效。截至2020年11月，全省200个重要河湖库渠水功能区水质达标率为89.5%，纳入国家考核的地表水优良水体(达到或优于Ⅲ类)比例从“十二五”末的66.0%提升至今年的83%，珠江、长江和西南诸河流域优良水体比例分别达到68.7%、77.8%和91.7%。
